A közvetlen kezelésű uniós források különböző, egyes szakterületekre elkülönített alapokban állnak rendelkezésre. Az egyes alapokat az Európai Unió Bizottságának úgynevezett főigazgatóságai vagy adott célra létrehozott ügynökségei kezelik.

A pályázás és elbírálás folyamata: Az adott alapot kezelő szervezet felhívást (Call for Tender) tesz közzé, majd a megadott határidőig beérkezett pályázatokat formai és tartalmi követelmények mentén értékeli. A beadott pályázatokat rotációs rendszerben alkalmazott, egymástól függetlenül tevékenykedő 3-5 szakértő értékeli, jellemzően egy 0-15 pontos skálán. A végeredmény aszerint alakul ki, hogy a maximális pontszámtól kezdve csökkenő sorba rendezett pályázatok összesített forrásigénye hányadik pályázatnál meríti ki az alapból az adott felhívásra elkülönített keretösszeget.

A pályázat nyelve elméletileg az Európai Unió bármelyik hivatalos nyelve lehetne, így akár a magyar is, de gyakorlatilag ajánlatos angol nyelven pályázni.

A közvetlen kezelésű uniós források nem minden esetben biztosítanak 100%-os vissza nem térítendő támogatást az egyes projektek számára, a támogatás intenzitása az alapok függvénye. Az egyes alapok között nagy különbségek mutatkoznak, de általánosságban elmondható, hogy a támogatásintenzitás 30-60% között mozog, a pályázatok körülbelül 15-20%-a nyer, és a megítélt támogatás 50-70%-a előfinanszírozásként megérkezik a projekt megkezdésekor.